১৯৭৩ সালে বাংলা একাডেমির উপপরিচালক হিসেবে যোগ দিয়েছিলেন শামসুজ্জামান খান। ২০০৯ সাল থেকে ২০১৮ সালের ১২ই ডিসেম্বর পর্যন্ত বাংলা একাডেমির মহাপরিচালক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেছিলেন।
সাহিত্যিক ও গবেষক শামসুজ্জামান খানকে জাতীয় জাদুঘরের ট্রাস্টি বোর্ডের চেয়ারম্যান বানানো হয়েছিল। এখনো সেই পদে রয়েছেন তিনি। এ প্রসঙ্গে তিনি বলেন, আগামীকাল এই পদ থেকে পদত্যাগ করে বাংলা একাডেমির সভাপতি হিসেবে দায়িত্ব নেবেন তিনি। সাহিত্য ও ফোকলারে বিশেষ অবদানের জন্য স্বাধীনতা ও একুশে পদকও তিনি পেয়েছেন।
গত মাসের ১৪ ই জুন জাতীয় অধ্যাপক আনিসুজ্জামান স্যারের মৃত্যুর পরে সেই পদ শূন্য হয়ে পড়েছিল। বাংলা একাডেমির একুশতম সভাপতি হিসেবে তার স্থলাভিষিক্ত হলেন শামসুজ্জামান খান।