জামাত নেতা যুদ্ধাপরাধী আজহারকে একাত্তরে যুদ্ধাপরাধের দায়ে আটক করা হয় ২০১২ সালের ২২ শে আগস্ট মগবাজারের তার নিজ বাসভবন হতে। পরবর্তী বছর ১২ ই নভেম্বর অভিযোগ গঠনের মাধ্যমে তার আনুষ্ঠানিক বিচার শুরু হয়।
একাত্তরে হত্যা, ধর্ষণের মতো গর্হিত মানবতাবিরোধী কাজে সরাসরি জড়িত থাকার সন্দেহাতীত ভাবে প্রমাণিত হওয়ায় আদালত তার মৃত্যুদন্ডাদেশের রায় দেয়। জামাতের সাবেক সহকারী সেক্রেটারি জেনারেল এ টি এম আজহার একাত্তরে ছিলেন ইসলামী ছাত্র সংঘের রংপুর জেলা কমিটির সভাপতি এবং আলবদর বাহিনীর রংপুর শাখার কমান্ডার।
২০১৪ সালের ৩০ শে ডিসেম্বর বিচারপতি এম ইনায়েতুর রহিম নেতৃত্বাধীন তিন বিচারপতির আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইবুনালের রায়ে বলা হয়েছিল, যে ঘৃণ্য অপরাধ আজহার করেছে তার বিচার মৃত্যুদন্ড ছাড়া অন্য কোনও সাজায় তার সুবিচার হয় না।
